上場株式の譲渡所得をめぐる取得費の取扱いに関する一般的な解説（裁決例・条文に基づくケーススタディ）
想定する一般的なケース：平成13年9月30日以前から所有していた上場株式を、過去に一般口座から特定口座へ移す際、「みなし取得費」（平成13年10月1日の終値の80%相当額）を取得価額として受け入れていた。その後、実際の購入価額が判明し、それが「みなし取得費」よりも高額だったため、実際の取得費で譲渡所得を計算して税負担を抑えられないか、というご相談を想定します。
「みなし取得費の特例」は、平成13年9月30日以前から引き続き所有していた上場株式等について、平成13年10月1日の終値の80%相当額を取得費とみなすことを認めた特例でした。しかしこれは平成15年1月1日から平成22年12月31日までの譲渡に限った時限措置であり、平成22年度税制改正により平成22年12月31日の譲渡をもって廃止されています。
したがって、現在の譲渡では「実際の取得費」と「みなし取得費」のどちらか有利な方を選ぶ、という枠組み自体が存在しません。論点は、過去に特定口座へ受け入れた際に記録された「みなし取得費」という数値が、今の譲渡計算でそのまま固定されるのか、という点に整理されます。
原則できない
特定口座（源泉徴収選択口座）内で譲渡した上場株式等の譲渡所得は、口座内の受入れ記録を基礎として、金融商品取引業者等が一元的に計算する仕組みになっています（租税特別措置法第37条の11の3）。納税者が確定申告の段階で取得費を別の数値に置き換えることは、原則として予定されていません。
これらの裁決から、特定口座内のまま売却し、確定申告で取得費を実際の取得費に修正して還付を受けることは、難しいと考えられます。
楽観視は禁物
「特定口座から一般口座へ移管（払出し）してから売却すれば、特定口座のルールから外れて実際の取得費を使えるのではないか」という見方があります。しかし、ここには注意すべき条文があります。
令和6年4月22日裁決には、「一般口座への移管後に譲渡した場合に概算取得費を取得費とすることができることなどは、法令等の適用の結果にすぎない」という趣旨の判断部分があります。これは「一般口座へ移管後なら概算取得費（5%）を使えること自体は法令上あり得る」ことを前提とした説示と読めます。もっとも、これはあくまで概算取得費（5%）に関する説示であり、「実際の取得費がみなし取得費を上回る場合に、その実際の取得費を使えること」までを保証したものではありません。
さらに、上記のように「実際の取得費＞みなし取得費」というケースでは、一般口座へ移して使える概算取得費（譲渡価額の5%）はみなし取得費よりも低くなるのが通常で、かえって不利です。つまり、一般口座へ移しても実際の取得費が通る保証はなく、概算5%を使う実益もない、という構造になりがちです。
「みなす」は、反証を許さずに一定の事実があったものとして扱う、強い法的な扱い（法的擬制）を指す言葉です。施行令の上記規定が「払出しの時に……取得されたものとする」と定めていることから、いったん特定口座で確定した取得価額の扱いは、口座の種類を変えただけでは簡単にはリセットされない、と読むのが自然です。これは論点1の裁決の方向性とも整合します。
| 特定口座のまま売却する | 不利みなし取得費で計算され、確定申告で実際の取得費に修正して還付を受けることは難しい。 |
|---|---|
| 一般口座へ移してから売却する | 保証なし・実益も乏しい施行令によりみなし取得費が引き継がれ、実際の取得費が通る保証はない。概算5%はかえって不利になりやすい。 |
みなし取得費の特例自体は現在の譲渡には使えず、特定口座内で売却すると「みなし取得費」で計算されてしまいます。一般口座へ移しても、施行令第25条の10の2第25項により「みなし取得費」が引き継がれるため、実際の取得費による計算が確実に認められるとは言いがたいのが実情です。過大な譲渡益が生じてしまう場合でも、実際の取得費による還付を確実に実現できる条文・裁決は見当たりません。